Eine Protokollierung der aufgenommenen Nahrungsmittel Ernährungsprotokoll durch den Patienten umgeht die Unzulänglichkeiten des Untersuchers. In Deutschland hat sich insbesondere PUDEL (1991) um diese Methode bemüht und Protokolle zur Ermittlung erstellt.

Die quantitative Erfassung erfolgt in standardisierten Haushaltsmaßen. Erhoben werden üblicherweise sieben Tage. Für klinische Zwecke können jedoch auch nur drei oder vier Tage in Betracht gezogen werden. Besser als Daten der Ernährungsanamnese können die des Protokolls mit Hilfe von Nährwerttabellen oder spezieller Computer-Software ausgewertet werden. Software-Anbieter in Deutschland sind: PRODI II, DIÄT 2000 und NUTRILOG. Erfaßt werden quantitativ Makronährstoffe (Kohlenhydrate, Fett, Eiweiß) und Mikronährstoffe (Mineralien, Vitamine, Spurenelemente). Die Nahrungsaufnahme wird mit den Empfehlungen der Deutschen Gesellschaft für Ernährung (DGE) verglichen.