Wird bei der Herstellung von Margarine das Verfahren der Fetthärtung angewendet, so entstehen trans-Fettsäuren. In sehr geringen Mengen stellt unser Körper diese trans-Fettsäuren auch selber her. Bei der Margarineherstellung liegt der Anteil aber bei über 8-12 %. Diese Fettsäuren stehen in dem Verdacht, in einer hohen Verzehrsmenge an der Entstehung von Arteriosklerose beteiligt zu sein.

Diese Erkenntnis ist um so kritischer zu beurteilen, da vielen Menschen zur Senkung des Cholesteringehalts im Nahrungsfett empfohlen wird, auch heute noch trotz Bekanntwerden dieses Umstandes, Margarine anstatt Butter zu bevorzugen.
Diätetische Margarinen werden nach einem anderen Verfahren hergestellt und weisen keine trans-Fettsäuren auf.